Package: gmap (2024-11-20+ds-2)

[ Source: gmap  ]

allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte

Questo pacchetto contiene i programmi GMAP e GSNAP, oltre ad utilità per gestire database di genomi in formato GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) è uno strumento per allineare sequenze di EST, mRNA e cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) è uno strumento per allineare letture di trascrittoma a terminali singoli e appaiati. Entrambi gli strumenti possono usare un database di:

 * siti di splicing noti e identificare nuovi siti di splice;
 * polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) noti.

GSNAP può allineare DNA trattato con bisolfito.

Tags: Field: Biology, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analysing

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	5,233.2 kB	44,708.0 kB	[list of files]
amd64	33,685.8 kB	268,823.0 kB	[list of files]
arm64	6,907.0 kB	61,267.0 kB	[list of files]
armel	4,919.1 kB	46,844.0 kB	[list of files]
armhf	4,903.1 kB	44,860.0 kB	[list of files]
i386	5,168.3 kB	46,588.0 kB	[list of files]
mips64el	5,960.0 kB	57,817.0 kB	[list of files]
ppc64el	7,108.9 kB	63,635.0 kB	[list of files]
riscv64	6,359.3 kB	59,311.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	5,697.4 kB	48,642.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	5,639.4 kB	48,080.0 kB	[list of files]