Package: gmap (2024-11-20+ds-1)

[ Source: gmap  ]

allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte

Questo pacchetto contiene i programmi GMAP e GSNAP, oltre ad utilità per gestire database di genomi in formato GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) è uno strumento per allineare sequenze di EST, mRNA e cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) è uno strumento per allineare letture di trascrittoma a terminali singoli e appaiati. Entrambi gli strumenti possono usare un database di:

 * siti di splicing noti e identificare nuovi siti di splice;
 * polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) noti.

GSNAP può allineare DNA trattato con bisolfito.

Tags: Field: Biology, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analysing

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	5,237.3 kB	44,707.0 kB	[list of files]
amd64	33,744.7 kB	268,822.0 kB	[list of files]
arm64	6,859.2 kB	61,266.0 kB	[list of files]
armel	4,930.9 kB	46,231.0 kB	[list of files]
armhf	4,950.9 kB	44,107.0 kB	[list of files]
i386	5,170.3 kB	46,587.0 kB	[list of files]
mips64el	5,924.4 kB	57,816.0 kB	[list of files]
ppc64el	7,139.9 kB	63,634.0 kB	[list of files]
riscv64	6,368.6 kB	59,310.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	5,781.5 kB	48,641.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	5,523.9 kB	48,079.0 kB	[list of files]