Paquet : gmap (2024-11-20+ds-2)

[ Paquet source : gmap  ]

alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

Ce paquet fournit les programmes GMAP et GSNAP ainsi que des utilitaires pour gérer des bases de données concernant le génome au format GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) est un outil pour aligner les séquences EST, mRNA et cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) est un outil pour aligner les lectures de transcriptome à partir d’une ou de deux extrémités. Ces deux outils peuvent utiliser une base de données de :

 – sites d’épissage connus et des sites nouveaux identifiés d’épissage ;
 – polymorphismes de nucléotide simple connus (SNP).

GSNAP peut aligner de l’ADN traité avec du bisulfite.

Étiquettes: Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Rôle: Programme, But: Analyse

Autres paquets associés à gmap

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger gmap

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	5 233,2 ko	44 708,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	33 685,8 ko	268 823,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	6 907,0 ko	61 267,0 ko	[liste des fichiers]
armel	4 919,1 ko	46 844,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	4 903,1 ko	44 860,0 ko	[liste des fichiers]
i386	5 168,3 ko	46 588,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	6 969,7 ko	62 094,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	5 960,0 ko	57 817,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	7 108,9 ko	63 635,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	6 359,3 ko	59 311,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	5 697,4 ko	48 642,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	5 639,4 ko	48 080,0 ko	[liste des fichiers]