Пакет: gmap (2024-11-20+ds-2)

[ Источник: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Теги: Область: Биология, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Роль: Программа, Цель: Анализ

Другие пакеты, относящиеся к gmap

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, loong64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  библиотека сжатия

Загрузка gmap

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	5 233,2 Кб	44 708,0 Кб	[список файлов]
amd64	33 685,8 Кб	268 823,0 Кб	[список файлов]
arm64	6 907,0 Кб	61 267,0 Кб	[список файлов]
armel	4 919,1 Кб	46 844,0 Кб	[список файлов]
armhf	4 903,1 Кб	44 860,0 Кб	[список файлов]
i386	5 168,3 Кб	46 588,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	6 969,7 Кб	62 094,0 Кб	[список файлов]
mips64el	5 960,0 Кб	57 817,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	7 108,9 Кб	63 635,0 Кб	[список файлов]
riscv64	6 359,3 Кб	59 311,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	5 697,4 Кб	48 642,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	5 639,4 Кб	48 080,0 Кб	[список файлов]