Paket: gmap (2024-11-20+ds-2)

[ Quellcode: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Markierungen: Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Rolle: Programm, Zweck: Analyse

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  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	5.233,2 kB	44.708,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	33.685,8 kB	268.823,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	6.907,0 kB	61.267,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	4.919,1 kB	46.844,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	4.903,1 kB	44.860,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	5.168,3 kB	46.588,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	6.969,7 kB	62.094,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	5.960,0 kB	57.817,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	7.108,9 kB	63.635,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	6.359,3 kB	59.311,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	5.697,4 kB	48.642,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	5.639,4 kB	48.080,0 kB	[Liste der Dateien]