Paket: gmap (2021-12-17+ds-3)

[ Källkod: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Märken: Field: Biologi, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analysing

Andra paket besläktade med gmap

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta gmap

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	11.077,9 kbyte	89.482,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	6.950,3 kbyte	58.950,0 kbyte	[filförteckning]
armel	5.407,5 kbyte	44.524,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	5.788,3 kbyte	42.476,0 kbyte	[filförteckning]
i386	6.086,9 kbyte	43.904,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	5.331,8 kbyte	55.440,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	5.324,2 kbyte	46.108,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	7.299,8 kbyte	60.998,0 kbyte	[filförteckning]