Paketti: gmap (2024-11-20+ds-2)

[ Source: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Tagit: Field: Biology, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analysing

Muut pakettiin gmap liittyvät paketit

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, loong64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi gmap

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	5,233.2 kt	44,708.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	33,685.8 kt	268,823.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	6,907.0 kt	61,267.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	4,919.1 kt	46,844.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	4,903.1 kt	44,860.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	5,168.3 kt	46,588.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	6,969.7 kt	62,094.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	5,960.0 kt	57,817.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	7,108.9 kt	63,635.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	6,359.3 kt	59,311.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	5,697.4 kt	48,642.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	5,639.4 kt	48,080.0 kt	[tiedostoluettelo]