套件：gmap（2024-11-20+ds-1）

[ 原始碼： gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

標籤: 領域: 生物學, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, 角色: 程式, Purpose: Analysing

其他與 gmap 有關的套件

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, sh4]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

下載 gmap

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	5，237。3 kB	44，707。0 kB	[檔案列表]
amd64	33，744。7 kB	268，822。0 kB	[檔案列表]
arm64	6，859。2 kB	61，266。0 kB	[檔案列表]
armel	4，930。9 kB	46，231。0 kB	[檔案列表]
armhf	4，950。9 kB	44，107。0 kB	[檔案列表]
i386	5，170。3 kB	46，587。0 kB	[檔案列表]
mips64el	5，924。4 kB	57，816。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	7，139。9 kB	63，634。0 kB	[檔案列表]
riscv64	6，368。6 kB	59，310。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	5，781。5 kB	48，641。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	5，523。9 kB	48，079。0 kB	[檔案列表]