Pacote: tabix (1.21+ds-1 e outros)

[ Fonte: htslib  ]

indexador genérico para arquivos de posicionamento de genoma delimitados por TAB

Tabix indexa arquivos nos quais algumas colunas indicam coordenadas de sequência: nome (em geral um cromossomo), começo e fim. Os dados de entrada devem ser ordenados pela posição e comprimidos com bgzip (fornecido neste pacote), que tem uma interface semelhante ao gzip. Depois da indexação, tabix pode recuperar rapidamente linhas de dados por coordenadas de cromossomos. A recuperação rápida de dados também se dá por rede se uma URI for dada como nome de arquivo.

Este pacote foi construído com a fonte HTSlib, e fornece as ferramentas bgzip, htsfile e tabix.

Etiquetas: Implementado em: C, Função: Programa, Ciência: science::calculation, use::calculating, Suporta o formato: HTML, linguagem de marcação de hipertexto, Funciona com: Texto

Outros pacotes relacionados a tabix

• dep: libbz2-1.0

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  compressor e descompressor derivado de DEFLATE rápido e de buffer inteiro

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  biblioteca de compressão para formato XZ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de tabix

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.21+ds-1	487.6 kB	2,703.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.21+ds-1	484.1 kB	2,328.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.21+ds-1	450.1 kB	2,316.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.21+ds-1	412.2 kB	2,249.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.21+ds-1	414.8 kB	1,609.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.21+ds-1	467.0 kB	2,305.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.21+ds-1	528.0 kB	2,629.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.19+ds-1.1+b1	558.6 kB	4,599.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.21+ds-1	482.2 kB	2,572.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.21+ds-1	432.5 kB	2,081.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.21+ds-1	446.6 kB	2,685.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.21+ds-1	500.1 kB	3,148.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.21+ds-1	516.5 kB	3,084.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.21+ds-1	497.4 kB	1,920.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.21+ds-1	472.7 kB	2,504.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.21+ds-1	500.5 kB	2,060.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.21+ds-1	407.1 kB	3,163.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.21+ds-1	484.6 kB	2,281.0 kB	[lista de arquivos]