Paketti: tabix (1.20+ds-2 ja muut)

[ Source: htslib  ]

generic indexer for TAB-delimited genome position files

Tabix indexes files where some columns indicate sequence coordinates: name (usually a chromosome), start and stop. The input data file must be position sorted and compressed by bgzip (provided in this package), which has a gzip like interface. After indexing, tabix is able to quickly retrieve data lines by chromosomal coordinates. Fast data retrieval also works over network if an URI is given as a file name.

This package is built from the HTSlib source, and provides the bgzip, htsfile, and tabix tools.

Tagit: Implemented in: C, Role: Program, Tiede: science::calculation, use::calculating, Supports Format: HTML, Hypertext Markup Language, Works with: Text

Muut pakettiin tabix liittyvät paketit

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  fast, whole-buffer DEFLATE-based compression and decompression

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  XZ-tiedostomuodon pakkauskirjasto

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi tabix

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.20+ds-2	479.1 kt	2,700.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.20+ds-2	474.4 kt	2,293.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.20+ds-2	444.0 kt	2,249.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.20+ds-2	405.0 kt	2,058.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.20+ds-2	408.2 kt	1,498.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.20+ds-2	460.7 kt	2,270.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.20+ds-2	523.2 kt	2,610.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.19+ds-1.1+b1	558.6 kt	4,599.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.20+ds-2	427.6 kt	2,062.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.20+ds-2	434.1 kt	2,617.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.20+ds-2	494.0 kt	3,145.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.20+ds-2	511.2 kt	3,017.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.20+ds-2	491.8 kt	1,901.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.20+ds-2	467.1 kt	2,477.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.20+ds-2	493.4 kt	1,993.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.20+ds-2	401.4 kt	3,160.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.20+ds-2	475.4 kt	2,238.0 kt	[tiedostoluettelo]