Pacote: tabix (1.16+ds-3)

[ Fonte: htslib  ]

indexador genérico para arquivos de posicionamento de genoma delimitados por TAB

Tabix indexa arquivos nos quais algumas colunas indicam coordenadas de sequência: nome (em geral um cromossomo), começo e fim. Os dados de entrada devem ser ordenados pela posição e comprimidos com bgzip (fornecido neste pacote), que tem uma interface semelhante ao gzip. Depois da indexação, tabix pode recuperar rapidamente linhas de dados por coordenadas de cromossomos. A recuperação rápida de dados também se dá por rede se uma URI for dada como nome de arquivo.

Este pacote foi construído com a fonte HTSlib, e fornece as ferramentas bgzip, htsfile e tabix.

Etiquetas: Implementado em: C, Função: Programa, Ciência: science::calculation, use::calculating, Suporta o formato: HTML, linguagem de marcação de hipertexto, Funciona com: Texto

Outros pacotes relacionados a tabix

• dep: libbz2-1.0

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  compressor e descompressor derivado de DEFLATE rápido e de buffer inteiro

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  biblioteca de compressão para formato XZ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de tabix

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	446.3 kB	2,185.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	417.1 kB	2,177.0 kB	[lista de arquivos]
armel	378.0 kB	2,046.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	378.6 kB	1,534.0 kB	[lista de arquivos]
i386	489.4 kB	2,478.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	411.8 kB	2,541.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	425.5 kB	2,532.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	481.2 kB	2,945.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	404.3 kB	2,293.0 kB	[lista de arquivos]