Paquet : tabix (1.21+ds-1 et autres)

[ Paquet source : htslib  ]

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

Tabix indexe des fichiers où certaines colonnes indiquent les coordonnées de séquence : nom (habituellement un chromosome), départ et fin. Le fichier de données d'entrée doit être trié en fonction du positionnement et compressé par bgzip (fourni dans ce paquet), qui a une interface similaire à celle de gzip. Après indexation, tabix est en mesure de récupérer rapidement les lignes de données par coordonnées chromosomiques. La récupération rapide des données fonctionne aussi sur le réseau si une URI est donnée comme nom de fichier.

Ce paquet a été compilé à partir du code source de HTSlib et fournit les outils bgzip, htsfile et tabix.

Étiquettes: Mis en œuvre en: C, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, use::calculating, Format pris en charge: HTML, Hypertext Markup Language, Fonctionne avec: Texte

Autres paquets associés à tabix

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  compression et décompression de tampon complet rapide basée sur DEFLATE

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  librairie de compression au format XZ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger tabix

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.21+ds-1	487,6 ko	2 703,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.21+ds-1	484,1 ko	2 328,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.21+ds-1	450,1 ko	2 316,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.21+ds-1	412,2 ko	2 249,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.21+ds-1	414,8 ko	1 609,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.21+ds-1	467,0 ko	2 305,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.21+ds-1	528,0 ko	2 629,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.19+ds-1.1+b1	558,6 ko	4 599,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.21+ds-1	482,2 ko	2 572,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.21+ds-1	432,5 ko	2 081,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.21+ds-1	446,6 ko	2 685,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.21+ds-1	500,1 ko	3 148,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.21+ds-1	516,5 ko	3 084,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.21+ds-1	497,4 ko	1 920,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.21+ds-1	472,7 ko	2 504,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.21+ds-1	500,5 ko	2 060,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.21+ds-1	407,1 ko	3 163,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.21+ds-1	484,6 ko	2 281,0 ko	[liste des fichiers]