Pakiet: tabix (1.20+ds-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: htslib  ]

Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu

Tabix indeksuje pliki, w których kolejność współrzędnych jest wskazywana przez niektóre kolumny, takie jak: name (zwykle z nazwą chromosomu), start i stop. Plik z danymi wejściowymi powinien być posortowany pod kątem pozycji (genomów) oraz skompresowany przy użyciu programu bgzip (dostarczonego w tym pakiecie), oferującego interfejs podobny do gzip. Po wykonaniu operacji indeksowania, Tabix może szybko wyszukiwać linie danych według współrzędnych chromosomalnych. Szybkie wyszukiwanie danych działa także za pośrednictwem sieci, jeśli URI jest podany jako nazwa pliku.

Do budowy pakietu wykorzystano kod źródłowy HTSlib. Pakiet zawiera następujące narzędzia: bgzip, htsfile i tabix.

Znaczniki: Zaimplementowane w: C, Rola: Program, Nauka: science::calculation, use::calculating, Obsługa formatu: HTML - Hypertext Markup Language, Działa z: Tekst

Inne pakiety związane z tabix

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  Szybka kompresja i dekompresja oparta na całym buforze DEFLATE

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  Biblioteka do kompresji w formacie XZ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie tabix

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.20+ds-1	478,0 KiB	2 700,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.20+ds-1	471,4 KiB	2 249,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.20+ds-1	438,8 KiB	2 249,0 KiB	[lista plików]
armel	1.20+ds-1	401,4 KiB	2 062,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.20+ds-1	404,8 KiB	1 494,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.20+ds-1	461,7 KiB	2 282,0 KiB	[lista plików]
i386	1.20+ds-1	517,3 KiB	2 566,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.19+ds-1.1+b1	558,6 KiB	4 599,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.20+ds-1	435,0 KiB	2 078,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.20+ds-1	430,6 KiB	2 618,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.20+ds-1	494,7 KiB	3 145,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.20+ds-1	508,1 KiB	3 017,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.20+ds-1	488,8 KiB	1 893,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.20+ds-1	462,5 KiB	2 465,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.20+ds-1	493,9 KiB	1 993,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.20+ds-1	402,4 KiB	3 160,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.20+ds-1	473,0 KiB	2 198,0 KiB	[lista plików]