Paket: tabix (1.21+ds-1 und andere)

[ Quellcode: htslib  ]

generic indexer for TAB-delimited genome position files

Tabix indexes files where some columns indicate sequence coordinates: name (usually a chromosome), start and stop. The input data file must be position sorted and compressed by bgzip (provided in this package), which has a gzip like interface. After indexing, tabix is able to quickly retrieve data lines by chromosomal coordinates. Fast data retrieval also works over network if an URI is given as a file name.

This package is built from the HTSlib source, and provides the bgzip, htsfile, and tabix tools.

Markierungen: Implementiert in: C, Rolle: Programm, Wissenschaft: science::calculation, use::calculating, Unterstützt Formate: HTML, Hypertext Markup Language (Hypertext-Auszeichnungssprache), Arbeitet mit: Text

Andere Pakete mit Bezug zu tabix

• dep: libbz2-1.0

  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  Schnelle DEFLATE-basierte Komprimierung und Dekomprimierung im gesamten Puffer

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  Bibliothek für das XZ-Kompressionsformat

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

tabix herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.21+ds-1	487,6 kB	2.703,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.21+ds-1	484,1 kB	2.328,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.21+ds-1	450,1 kB	2.316,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.21+ds-1	412,2 kB	2.249,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.21+ds-1	414,8 kB	1.609,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.21+ds-1	467,0 kB	2.305,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.21+ds-1	528,0 kB	2.629,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.19+ds-1.1+b1	558,6 kB	4.599,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.21+ds-1	432,5 kB	2.081,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.21+ds-1	446,6 kB	2.685,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.21+ds-1	500,1 kB	3.148,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.21+ds-1	516,5 kB	3.084,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.21+ds-1	497,4 kB	1.920,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.21+ds-1	472,7 kB	2.504,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.21+ds-1	500,5 kB	2.060,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.21+ds-1	407,1 kB	3.163,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.21+ds-1	484,6 kB	2.281,0 kB	[Liste der Dateien]