Package: ggd-utils (1.0.0+ds-1 and others)

[ Source: ggd-utils  ]

programmi per l'uso in ggd

Accetta un file di genoma e (attualmente) un .vcf.gz o un .bed.gz e verifica che:

    * sia presente un .tbi;
    * il VCF abbia ""##fileformat=VCF" come prima riga;
    * il VCF abbia un'intestazione #CHROM;
    * i cromosomi siano nell'ordine specificato dal file del genoma (e
      presenti);
    * le posizioni siano ordinate;
    * le posizioni siano <= delle lunghezze dei cromosomi definiti nel file
      del genoma.

Come risultato, ogni nuovo genoma passato a GGD ha un file .genome che detta l'ordine di ordinamento e la presenza o assenza del prefisso "chr" per i cromosomi.

Other Packages Related to ggd-utils

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  libreria runtime per applicazioni GNU Go

Download ggd-utils

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.0+ds-1+b9	190.5 kB	759.0 kB	[list of files]
amd64	1.0.0+ds-1+b13	2,115.2 kB	6,195.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.0+ds-1+b13	1,826.0 kB	5,884.0 kB	[list of files]
armel	1.0.0+ds-1+b13	1,800.6 kB	6,035.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.0+ds-1+b13	1,794.0 kB	6,035.0 kB	[list of files]
i386	1.0.0+ds-1+b13	1,953.0 kB	5,995.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.0+ds-1+b13	1,636.7 kB	6,734.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.0.0+ds-1+b9	219.6 kB	1,088.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.0+ds-1+b13	1,814.1 kB	6,074.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.0+ds-1+b8	1,792.5 kB	5,819.0 kB	[list of files]
s390x	1.0.0+ds-1+b13	1,922.9 kB	6,523.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.0.0+ds-1+b8	187.8 kB	1,274.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.0+ds-1+b9	199.3 kB	716.0 kB	[list of files]