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软件包:ggd-utils(1.0.0+ds-1 以及其他的)

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programs for use in ggd

Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:

    * a .tbi is present
    * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first
    line
    * the VCF has a #CHROM header
    * the chromosome are in the order specified by
    the genome file (and present)
    * the positions are sorted
    * the positions are <= the chromosome lengths
    defined in the genome file.

As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes

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ppc64el 1.0.0+ds-1+b14 1,889.3 kB6,417.0 kB [文件列表]
riscv64 1.0.0+ds-1+b9 1,964.7 kB6,289.0 kB [文件列表]
s390x 1.0.0+ds-1+b14 2,003.5 kB6,865.0 kB [文件列表]
sparc64 (非官方移植版) 1.0.0+ds-1+b8 187.8 kB1,274.0 kB [文件列表]
x32 (非官方移植版) 1.0.0+ds-1+b9 199.3 kB716.0 kB [文件列表]