Paquet : ggd-utils (1.0.0+ds-1 et autres)

[ Paquet source : ggd-utils  ]

programs for use in ggd

Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:

    * a .tbi is present
    * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first
    line
    * the VCF has a #CHROM header
    * the chromosome are in the order specified by
    the genome file (and present)
    * the positions are sorted
    * the positions are <= the chromosome lengths
    defined in the genome file.

As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes

Autres paquets associés à ggd-utils

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, loong64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  bibliothèque d'exécution pour les applications Go GNU

Télécharger ggd-utils

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.0+ds-1+b9	190,5 ko	759,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.0+ds-1+b16	2 206,1 ko	6 605,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.0+ds-1+b16	1 895,3 ko	6 162,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.0+ds-1+b16	1 964,1 ko	6 504,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.0+ds-1+b16	1 958,5 ko	6 504,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.0+ds-1+b16	2 127,9 ko	6 428,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.0.0+ds-1+b5	1 790,6 ko	6 011,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.0+ds-1+b16	1 791,9 ko	7 204,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.0+ds-1+b9	219,6 ko	1 088,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.0+ds-1+b16	1 888,7 ko	6 417,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.0+ds-1+b11	1 962,8 ko	6 225,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.0+ds-1+b16	2 005,8 ko	6 865,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.0+ds-1+b8	187,8 ko	1 274,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.0+ds-1+b9	199,3 ko	716,0 ko	[liste des fichiers]