Paquet : tabix (1.20+ds-2)

[ Paquet source : htslib  ]

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

Tabix indexe des fichiers où certaines colonnes indiquent les coordonnées de séquence : nom (habituellement un chromosome), départ et fin. Le fichier de données d'entrée doit être trié en fonction du positionnement et compressé par bgzip (fourni dans ce paquet), qui a une interface similaire à celle de gzip. Après indexation, tabix est en mesure de récupérer rapidement les lignes de données par coordonnées chromosomiques. La récupération rapide des données fonctionne aussi sur le réseau si une URI est donnée comme nom de fichier.

Ce paquet a été compilé à partir du code source de HTSlib et fournit les outils bgzip, htsfile et tabix.

Étiquettes: Mis en œuvre en: C, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, use::calculating, Format pris en charge: HTML, Hypertext Markup Language, Fonctionne avec: Texte

Autres paquets associés à tabix

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  compression et décompression de tampon complet rapide basée sur DEFLATE

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  librairie de compression au format XZ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger tabix

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	474,4 ko	2 293,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	444,0 ko	2 249,0 ko	[liste des fichiers]
armel	405,0 ko	2 058,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	408,2 ko	1 498,0 ko	[liste des fichiers]
i386	523,2 ko	2 610,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	434,1 ko	2 617,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	511,2 ko	3 017,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	491,8 ko	1 901,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	467,1 ko	2 477,0 ko	[liste des fichiers]