Paquet : ggd-utils (0.0.7+ds-3 et autres)

[ Paquet source : ggd-utils  ]

programs for use in ggd

Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:

    * a .tbi is present
    * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first
    line
    * the VCF has a #CHROM header
    * the chromosome are in the order specified by
    the genome file (and present)
    * the positions are sorted
    * the positions are <= the chromosome lengths
    defined in the genome file.

As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes

Autres paquets associés à ggd-utils

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3.6-6~) [i386]

  dep: libc6 (>= 2.4) [non arm64, i386, ppc64el]

Télécharger ggd-utils

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	0.0.7+ds-3+b6	1 685,4 ko	5 273,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.0.7+ds-3+b6	1 441,3 ko	4 860,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.0.7+ds-3+b6	1 470,3 ko	4 508,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.0.7+ds-3+b6	1 465,2 ko	4 444,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.0.7+ds-3+b6	1 601,7 ko	4 482,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.0.7+ds-3+b6	1 362,7 ko	5 335,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	0.0.7+ds-3+b6	1 385,8 ko	4 987,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.0.7+ds-3+b6	1 415,6 ko	4 924,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.0.7+ds-3+b6	1 545,2 ko	5 183,0 ko	[liste des fichiers]