Paquet : ggd-utils (1.0.0+ds-1 et autres)

[ Paquet source : ggd-utils  ]

programs for use in ggd

Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:

    * a .tbi is present
    * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first
    line
    * the VCF has a #CHROM header
    * the chromosome are in the order specified by
    the genome file (and present)
    * the positions are sorted
    * the positions are <= the chromosome lengths
    defined in the genome file.

As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes

Autres paquets associés à ggd-utils

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

Télécharger ggd-utils

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1.0.0+ds-1+b6	1 775,3 ko	5 126,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.0+ds-1+b6	1 530,8 ko	4 842,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.0+ds-1+b6	1 515,0 ko	4 907,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.0+ds-1+b6	1 507,8 ko	4 883,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.0+ds-1+b6	1 651,4 ko	4 956,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.0+ds-1+b6	1 379,6 ko	5 565,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	1.0.0+ds-1+b6	1 412,2 ko	5 462,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.0+ds-1+b6	1 497,5 ko	4 905,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.0+ds-1+b6	1 619,4 ko	5 246,0 ko	[liste des fichiers]