Paket: samtools (1.20-3 och andra)

[ Källkod: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Andra paket besläktade med samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.20~)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  shared libraries for terminal handling

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  shared low-level terminfo library for terminal handling

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ej armel, armhf, i386]

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Hämta samtools

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	1.20-3	637,6 kbyte	1.409,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.20-3+b1	613,9 kbyte	1.674,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.20-3	601,7 kbyte	1.330,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.20-3	605,0 kbyte	1.146,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.20-3	672,3 kbyte	1.538,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.20-3	615,2 kbyte	1.824,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.20-3	662,7 kbyte	1.929,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.20-3	647,5 kbyte	1.281,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.20-3	643,8 kbyte	1.485,0 kbyte	[filförteckning]