Пакет: samtools (1.21-1)

[ Источник: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Сеть: Клиент, Сетевой протокол: FTP, protocol::http, role::program, Область: Утилита, Инструментарий интерфейса: Ncurses TUI, Цель: use::analysing, use::calculating, Фильтрация, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  разделяемые библиотеки для управления терминалом

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  низкоуровневая библиотека для работы с терминалом

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, i386]

  библиотека сжатия

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Загрузка samtools

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	651,5 Кб	1 447,0 Кб	[список файлов]
arm64	622,5 Кб	1 679,0 Кб	[список файлов]
armel	614,7 Кб	1 672,0 Кб	[список файлов]
armhf	617,9 Кб	1 544,0 Кб	[список файлов]
i386	683,3 Кб	1 572,0 Кб	[список файлов]
mips64el	630,8 Кб	1 894,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	677,4 Кб	1 935,0 Кб	[список файлов]
riscv64	657,6 Кб	1 299,0 Кб	[список файлов]
s390x	655,9 Кб	1 507,0 Кб	[список файлов]