Pakiet: bioperl-run (1.7.3-13)

[ Pakiet źródłowy: bioperl-run  ]

Nakładki na BioPerl: skrypty

Pakiet zawiera skrypty z pakietu BioPerl-Run. Instaluje on również wszystkie nakładkowe aplikacje pakowane w Debianie. Aplikacje, które nie są wolne są "Sugerowane" przez ten pakiet.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::perl, interface::commandline, Rola: Program

Inne pakiety związane z bioperl-run

• dep: bioperl (>= 1.7.4)

  Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu

• dep: default-jdk-headless

  Standard Java or Java compatible Development Kit (headless)

• dep: libbio-cluster-perl

  BioPerl cluster modules

• dep: libbio-eutilities-perl

  BioPerl interface to the Entrez Programming Utilities (E-utilities)

• dep: libbio-featureio-perl

  Modules for reading, writing, and manipulating sequence features

• dep: libbio-perl-run-perl (= 1.7.3-13)

  BioPerl wrappers: modules

• dep: libbio-tools-run-remoteblast-perl

  Object for remote execution of the NCBI Blast via HTTP

• dep: libsoap-lite-perl

  Perl implementation of a SOAP client and server

• dep: libtest-requiresinternet-perl

  module to easily test network connectivity

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• rec: amap-align

  Wielokrotne wyrównywanie białek poprzez sekwencyjne wyżarzanie

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: exonerate

  generic tool for pairwise sequence comparison

• rec: kalign

  Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji

• rec: lagan

  highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner

• rec: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: maq

  maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

• rec: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• rec: ncbi-blast+-legacy

  NCBI Blast legacy call script

• rec: ncoils

  Przewidywanie budowy zwiniętej spirali drugorzędowej struktury

• rec: pal2nal

  converts proteins to genomic DNA alignment

• rec: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• rec: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• rec: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• rec: raxml

  Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych

• rec: sim4

  tool for aligning cDNA and genomic DNA

• rec: t-coffee

  Wielosekwencyjne wyrównanie

• rec: wise

  comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

• sug: bedtools

  suite of utilities for comparing genomic features

• sug: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• sug: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• sug: emboss

  European molecular biology open software suite

• sug: fasta3

  tools for searching collections of biological sequences

• sug: gmap

  Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów

• sug: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

• sug: hyphy-pt

  Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

  lub hyphy-mpi

  Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

• sug: infernal

  Wyrównywanie drugorzędowej struktury RNA

• sug: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

  Bioperl interface to Clustal W

• sug: pftools

  build and search protein and DNA generalized profiles

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• sug: tigr-glimmer

  Gene detection in archea and bacteria

• sug: trnascan-se

  detection of transfer RNA genes in genomic sequence

Pobieranie bioperl-run

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	35,6 KiB	89,0 KiB	[lista plików]