Pakiet: maq (0.7.1-10 i inne)

[ Pakiet źródłowy: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, scope::utility, Przeznaczenie: Wymaga dodatkowego znacznika, Analizowanie, use::comparing, use::searching, Obsługa formatu: Wymaga dodatkowego znacznika, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Inne pakiety związane z maq

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, i386, ia64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie maq

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.7.1-10	297,2 KiB	582,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.7.1-10	295,1 KiB	545,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.7.1-10	287,3 KiB	581,0 KiB	[lista plików]
armel	0.7.1-10	284,3 KiB	524,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.7.1-10	286,4 KiB	472,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.7.1-10	304,9 KiB	553,0 KiB	[lista plików]
i386	0.7.1-10	305,4 KiB	581,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.7.1-9	329,5 KiB	752,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	0.7.1-10	291,9 KiB	533,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.7.1-10	295,5 KiB	556,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.7.1-10	296,6 KiB	588,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.7.1-10	300,7 KiB	645,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.7.1-10	303,5 KiB	645,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.7.1-10	296,8 KiB	493,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.7.1-10	299,0 KiB	557,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.7.1-10	316,1 KiB	581,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.7.1-10	290,1 KiB	1 352,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.7.1-10	296,3 KiB	545,0 KiB	[lista plików]