Pakiet: sim4 (0.0.20121010-8 i inne)

[ Pakiet źródłowy: sim4  ]

tool for aligning cDNA and genomic DNA

sim4 is a similarity-based tool for aligning an expressed DNA sequence (EST, cDNA, mRNA) with a genomic sequence for the gene. It also detects end matches when the two input sequences overlap at one end (i.e., the start of one sequence overlaps the end of the other).

sim4 employs a blast-based technique to first determine the basic matching blocks representing the "exon cores". In this first stage, it detects all possible exact matches of W-mers (i.e., DNA words of size W) between the two sequences and extends them to maximal scoring gap-free segments. In the second stage, the exon cores are extended into the adjacent as-yet-unmatched fragments using greedy alignment algorithms, and heuristics are used to favor configurations that conform to the splice-site recognition signals (GT-AG, CT-AC). If necessary, the process is repeated with less stringent parameters on the unmatched fragments.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::comparing, use::searching, Obsługa formatu: Wymaga dodatkowego znacznika, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Inne pakiety związane z sim4

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

Pobieranie sim4

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.0.20121010-8	354,4 KiB	1 391,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.0.20121010-8	350,8 KiB	1 371,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.0.20121010-8	346,8 KiB	1 363,0 KiB	[lista plików]
armel	0.0.20121010-8	346,0 KiB	1 362,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.0.20121010-8	344,3 KiB	1 334,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.0.20121010-8	349,0 KiB	1 362,0 KiB	[lista plików]
i386	0.0.20121010-8	353,0 KiB	1 378,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.0.20121010-8	364,7 KiB	1 452,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.0.20121010-8	340,8 KiB	1 350,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.0.20121010-8	350,1 KiB	1 379,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.0.20121010-8	355,7 KiB	1 408,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.0.20121010-8	356,3 KiB	1 407,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.0.20121010-8+b1	352,4 KiB	1 355,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.0.20121010-8	349,9 KiB	1 375,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.0.20121010-8	349,8 KiB	1 342,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.0.20121010-8	345,9 KiB	1 369,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.0.20121010-8	349,6 KiB	1 366,0 KiB	[lista plików]