Pakiet: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: fasta3  ]

tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)

 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)

 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)

 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)

 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Inne pakiety związane z fasta3

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• rec: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• sug: bedtools

  suite of utilities for comparing genomic features

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database

• sug: libdbi-perl

  Interfejs bazodanowy Perl (DBI)

• sug: libhtml-tableextract-perl

  module for extracting the content contained in HTML tables

• sug: libjson-perl

  module for manipulating JSON-formatted data

• sug: liburi-encode-perl

  Perl module to encode and decode strings to URIs

• sug: libwww-perl

  Prosty i spójny interfejs do WWW

• sug: libxml-twig-perl

  Perl module for processing huge XML documents in tree mode

• sug: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• sug: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• sug: python3-mysqldb

  Python interface to MySQL

Pobieranie fasta3

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	907,4 KiB	7 534,0 KiB	[lista plików]
amd64	36.3.8i.14-Nov-2020-1	902,2 KiB	6 970,0 KiB	[lista plików]
arm64	36.3.8i.14-Nov-2020-1	805,2 KiB	6 702,0 KiB	[lista plików]
armel	36.3.8i.14-Nov-2020-1	807,9 KiB	6 924,0 KiB	[lista plików]
armhf	36.3.8i.14-Nov-2020-1	771,9 KiB	5 324,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	864,1 KiB	6 245,0 KiB	[lista plików]
i386	36.3.8i.14-Nov-2020-1	853,3 KiB	6 924,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	1 075,0 KiB	11 899,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	755,2 KiB	5 887,0 KiB	[lista plików]
mips64el	36.3.8i.14-Nov-2020-1	809,3 KiB	6 742,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	872,1 KiB	7 875,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	36.3.8i.14-Nov-2020-1	884,6 KiB	8 238,0 KiB	[lista plików]
riscv64	36.3.8i.14-Nov-2020-1+b1	1 005,6 KiB	5 915,0 KiB	[lista plików]
s390x	36.3.8i.14-Nov-2020-1	826,1 KiB	6 836,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	929,0 KiB	6 336,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	895,1 KiB	18 263,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	884,2 KiB	6 748,0 KiB	[lista plików]