Pakiet: bedtools (2.31.1+dfsg-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: bedtools  ]

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Zestaw, Przeznaczenie: use::analysing, use::comparing, Konwersja danych, use::filtering, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z bedtools

• dep: libbz2-1.0 [nie sparc64]

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, ia64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [nie sparc64]

  Biblioteka do kompresji w formacie XZ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie sparc64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie sparc64]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

Pobieranie bedtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.31.1+dfsg-2	608,1 KiB	2 458,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661,8 KiB	2 106,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.31.1+dfsg-2+b1	586,6 KiB	2 007,0 KiB	[lista plików]
armel	2.31.1+dfsg-2	547,2 KiB	1 817,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564,5 KiB	1 313,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.31.1+dfsg-2	621,0 KiB	1 976,0 KiB	[lista plików]
i386	2.31.1+dfsg-2	727,9 KiB	2 301,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.31.1+dfsg-2	796,8 KiB	4 272,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.31.1+dfsg-2	623,5 KiB	2 045,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582,9 KiB	2 599,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.31.1+dfsg-2	658,7 KiB	2 710,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664,1 KiB	2 518,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644,0 KiB	1 603,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646,6 KiB	2 162,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.31.1+dfsg-2	752,8 KiB	1 942,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.26.0+dfsg-5	460,9 KiB	1 898,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.31.1+dfsg-2	665,9 KiB	2 001,0 KiB	[lista plików]