Pakiet: wise (2.4.1-27 i inne)

[ Pakiet źródłowy: wise  ]

comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

Wise2 is a package focused on comparisons of biopolymers, commonly DNA and protein sequences. There are many other packages which do this, probably the best known being BLAST package (from NCBI) and the Fasta package (from Bill Pearson). There are other packages, such as the HMMER package (Sean Eddy) or SAM package (UC Santa Cruz) focused on hidden Markov models (HMMs) of biopolymers.

Wise2's particular forte is the comparison of DNA sequence at the level of its protein translation. This comparison allows the simultaneous prediction of say gene structure with homology based alignment.

Wise2 also contains other algorithms, such as the venerable Smith-Waterman algorithm, or more modern ones such as Stephen Altschul's generalised gap penalties, or even experimental ones developed in house, such as dba. The development of these algorithms is due to the ease of developing such algorithms in the environment used by Wise2.

Wise2 has also been written with an eye for reuse and maintainability. Although it is a pure C package you can access its functionality directly in Perl. Parts of the package (or the entire package) can be used by other C or C++ programs without namespace clashes as all externally linked variables have the unique identifier Wise2 prepended.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::comparing, works-with::TODO

Inne pakiety związane z wise

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.12.0)

  Glib, biblioteka funkcji języka C

• dep: wise-data (= 2.4.1-24) [ia64]

  data files for the wise package

  dep: wise-data (= 2.4.1-27) [nie ia64]

• sug: wise-doc (= 2.4.1-24) [ia64]

  documentation for the wise package

  sug: wise-doc (= 2.4.1-27) [nie ia64]

Pobieranie wise

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.4.1-27	1 062,4 KiB	11 986,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.4.1-27	1 039,8 KiB	10 120,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.4.1-27	1 007,0 KiB	10 188,0 KiB	[lista plików]
armel	2.4.1-27	749,3 KiB	9 216,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.4.1-27	767,6 KiB	6 656,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.4.1-27	927,7 KiB	9 938,0 KiB	[lista plików]
i386	2.4.1-27	1 113,7 KiB	11 316,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.4.1-24	1 129,1 KiB	21 212,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	2.4.1-27	989,7 KiB	10 508,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.4.1-27	929,1 KiB	8 677,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.4.1-27	1 092,2 KiB	12 401,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.4.1-27	1 076,8 KiB	14 284,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.4.1-27	1 098,9 KiB	13 068,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.4.1-27	1 094,8 KiB	8 284,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.4.1-27	1 072,1 KiB	11 624,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.4.1-27	878,5 KiB	8 064,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.4.1-27	813,3 KiB	16 489,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.4.1-27	1 011,3 KiB	9 872,0 KiB	[lista plików]