Pakiet: bowtie (1.3.1-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: bowtie  ]

Ultrafast memory-efficient short read aligner

This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.

Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Nauka: science::calculation, scope::utility, Przeznaczenie: Analizowanie, use::comparing, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z bowtie

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, hppa, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

• dep: libgcc1 [x32]

  Pakiet niedostępny

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Pakiet niedostępny

• dep: libstdc++6 [x32]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie arm64, hppa, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [hppa, sh4]

• dep: python3 [nie hppa, sh4, x32]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [nie hppa, sh4, x32]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: bowtie-examples

  Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

Pobieranie bowtie

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.3.1-3	1 333,8 KiB	8 673,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.3.1-3	1 588,9 KiB	6 845,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.3.1-3+b1	1 305,9 KiB	6 738,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.0.0-6	894,0 KiB	3 548,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.3.1-3	1 050,6 KiB	8 129,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.3.1-3	1 328,0 KiB	8 145,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.3.1-3	1 370,8 KiB	7 889,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.3.1-3	1 510,0 KiB	5 365,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.3.1-3	1 530,6 KiB	6 969,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.0.0-6	860,1 KiB	3 077,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.3.1-3	1 149,4 KiB	14 721,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.0.1-2	878,8 KiB	3 264,0 KiB	[lista plików]