Pakiet: bali-phy (4.0-1)

[ Pakiet źródłowy: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Inne pakiety związane z bali-phy

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo - biblioteka do dwuwymiarowej grafiki wektorowej

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• rec: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej

• sug: figtree

  Graficzna przeglądarka drzew filogenetycznych

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Pobieranie bali-phy

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	9 822,0 KiB	52 710,0 KiB	[lista plików]
arm64	8 730,3 KiB	47 950,0 KiB	[lista plików]
i386	9 253,0 KiB	51 011,0 KiB	[lista plików]
mips64el	8 919,8 KiB	58 594,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	9 592,2 KiB	56 065,0 KiB	[lista plików]
riscv64	10 112,1 KiB	41 347,0 KiB	[lista plików]
s390x	7 548,7 KiB	48 143,0 KiB	[lista plików]