Paquet : gmap (2021-12-17+ds-3)
Liens pour gmap
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source gmap :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Shaun Jackman (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
- Alexandre Mestiashvili (Page QA)
- Étienne Mollier (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [research-pub.gene.com]
Paquets similaires :
alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA
Ce paquet fournit les programmes GMAP et GSNAP ainsi que des utilitaires pour gérer des bases de données concernant le génome au format GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) est un outil pour aligner les séquences EST, mRNA et cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) est un outil pour aligner les lectures de transcriptome à partir d’une ou de deux extrémités. Ces deux outils peuvent utiliser une base de données de :
– sites d’épissage connus et des sites nouveaux identifiés d’épissage ; – polymorphismes de nucléotide simple connus (SNP).GSNAP peut aligner de l’ADN traité avec du bisulfite.
Autres paquets associés à gmap
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- dep: libbz2-1.0
- Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: perl
- langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Bibliothèque de compression - binaires
Télécharger gmap
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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amd64 | 11 077,9 ko | 89 482,0 ko | [liste des fichiers] |
arm64 | 6 950,3 ko | 58 950,0 ko | [liste des fichiers] |
armel | 5 407,5 ko | 44 524,0 ko | [liste des fichiers] |
armhf | 5 788,3 ko | 42 476,0 ko | [liste des fichiers] |
i386 | 6 086,9 ko | 43 904,0 ko | [liste des fichiers] |
mips64el | 5 331,8 ko | 55 440,0 ko | [liste des fichiers] |
mipsel | 5 324,2 ko | 46 108,0 ko | [liste des fichiers] |
ppc64el | 7 299,8 ko | 60 998,0 ko | [liste des fichiers] |