Paquet : bali-phy (3.6.0+dfsg-1)

[ Paquet source : bali-phy  ]

inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

BAli-Phy évalue plusieurs alignements de séquence et d’arbres évolutionnaires à partir d’ADN non aligné, d’acide aminé ou de séquences de codons. BAli-Phy utilise MCMC pour évaluer les arbres évolutionnaires, la sélection positive et les longueurs de branches tout en moyennant d’autres alignements possibles. BAli-Phy peut afficher graphiquement l’ambiguïté d’alignement dans un graphe d’incertitude d’alignement (AU).

BAli-Phy peut également évaluer les phylogénies à partir d’un alignement fixé (comme MrBayes et BEAST) grâce à des modèles de substitution tels que GTR+gamma. BAli-Phy évalue automatiquement les taux relatifs de chaque gène.

Autres paquets associés à bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0)

  représentation⋅C++ d'intervalle de temps, de point temporel et d'horloges

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque Boost de nombres aléatoires

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Bibliothèque graphique vectorielle Cairo 2D

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• rec: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  système de calcul statistique et de graphique GNU R

• sug: figtree

  visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

• sug: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

Télécharger bali-phy

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	6 034,2 ko	35 682,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	5 431,3 ko	32 438,0 ko	[liste des fichiers]
armel	4 564,5 ko	29 752,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	4 260,7 ko	22 024,0 ko	[liste des fichiers]
i386	5 831,4 ko	35 044,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	5 573,4 ko	42 247,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	5 537,4 ko	40 464,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	6 131,2 ko	40 892,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4 991,8 ko	35 522,0 ko	[liste des fichiers]