Pacote: stacks (2.68+dfsg-2)

[ Fonte: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Outros pacotes relacionados a stacks

• dep: bsdextrautils

  utilitários extras do 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Database Interface (DBI) para Perl

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, ppc64el, riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  interface em linha de comando e para script do GNU R -- pacote de transição
  também um pacote virtual fornecido por r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger

Download de stacks

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1,231.5 kB	6,161.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1,057.3 kB	5,829.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1,024.3 kB	5,681.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1,046.8 kB	4,081.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1,301.0 kB	6,437.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1,123.1 kB	7,726.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1,170.8 kB	7,109.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1,148.9 kB	4,409.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1,157.7 kB	6,289.0 kB	[lista de arquivos]