Paket: stacks (2.68+dfsg-1)

[ Källkod: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Andra paket besläktade med stacks

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf, ppc64el, riscv64]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger

Hämta stacks

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	1.229,7 kbyte	6.153,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.053,9 kbyte	5.829,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.021,0 kbyte	5.341,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.044,3 kbyte	3.781,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.299,2 kbyte	6.437,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.102,8 kbyte	7.664,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.168,3 kbyte	7.109,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.145,9 kbyte	4.405,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.156,0 kbyte	6.289,0 kbyte	[filförteckning]