Paketti: stacks (2.68+dfsg-2)

[ Source: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Muut pakettiin stacks liittyvät paketit

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei armel, armhf, ppc64el, riscv64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger

Imuroi stacks

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	1,231.5 kt	6,161.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1,057.3 kt	5,829.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1,024.3 kt	5,681.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1,046.8 kt	4,081.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1,301.0 kt	6,437.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1,123.1 kt	7,726.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1,170.8 kt	7,109.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1,148.9 kt	4,409.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1,157.7 kt	6,289.0 kt	[tiedostoluettelo]