Package: stacks (2.68+dfsg-2)

[ Source: stacks  ]

catena di elaborazione dati per costruire loci da sequenze di letture brevi di DNA

Stacks è una catena di software per elaborazione dati per costruire loci da sequenze di letture brevi di DNA, come quelle generate sulla piattaforma Illumina. Stacks è stato sviluppato per lavorare con dati basati su enzimi di restrizione, come RAD-seq, con lo scopo di costruire mappe genetiche e condurre genomica delle popolazioni e filogeografia.

Notare che questo pacchetto installa Stacks in modo che tutti i comandi devono essere eseguiti come: $ stacks <NOME_COMANDO> <ARGOMENTI>

Other Packages Related to stacks

• dep: bsdextrautils

  utilità aggiuntive da 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, ppc64el, riscv64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria di compressione - runtime

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  modulo per creare fogli di calcolo Excel

• rec: littler

  interfaccia di GNU R per script e riga di comando -- pacchetto di transizione
  also a virtual package provided by r-cran-littler

• sug: gdb

  debugger GNU

Download stacks

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,231.5 kB	6,161.0 kB	[list of files]
arm64	1,057.3 kB	5,829.0 kB	[list of files]
armel	1,024.3 kB	5,681.0 kB	[list of files]
armhf	1,046.8 kB	4,081.0 kB	[list of files]
i386	1,301.0 kB	6,437.0 kB	[list of files]
mips64el	1,123.1 kB	7,726.0 kB	[list of files]
ppc64el	1,170.8 kB	7,109.0 kB	[list of files]
riscv64	1,148.9 kB	4,409.0 kB	[list of files]
s390x	1,157.7 kB	6,289.0 kB	[list of files]