Paket: stacks (2.68+dfsg-1)

[ Quellcode: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Andere Pakete mit Bezug zu stacks

• dep: bsdextrautils

  Zusätzliche Dienstprogramme von 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, ppc64el, riscv64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  Modul für die Erzeugung von Excel-Tabellen

• rec: littler

  Kommandozeilen- und Skripting-Frontend für GNU R -- Übergangspaket
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU-Debugger

stacks herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.229,7 kB	6.153,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.053,9 kB	5.829,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.021,0 kB	5.341,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.044,3 kB	3.781,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.299,2 kB	6.437,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.102,8 kB	7.664,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.168,3 kB	7.109,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.145,9 kB	4.405,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.156,0 kB	6.289,0 kB	[Liste der Dateien]