Pacote: stacks (2.68+dfsg-2 e outros)

[ Fonte: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Outros pacotes relacionados a stacks

• dep: bsdextrautils

  utilitários extras do 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Database Interface (DBI) para Perl

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [não ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  interface em linha de comando e para script do GNU R -- pacote de transição
  também um pacote virtual fornecido por r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger
  também um pacote virtual fornecido por gdb-minimal

Download de stacks

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.68+dfsg-2	1,112.6 kB	6,814.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.68+dfsg-2	1,231.5 kB	6,161.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.68+dfsg-2	1,057.3 kB	5,829.0 kB	[lista de arquivos]
armel	2.68+dfsg-2	1,024.3 kB	5,681.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	2.68+dfsg-2	1,046.8 kB	4,081.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	2.68+dfsg-2	1,082.4 kB	5,478.0 kB	[lista de arquivos]
i386	2.68+dfsg-2	1,301.0 kB	6,437.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.66+dfsg-1+b1	1,286.9 kB	11,193.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.68+dfsg-2	1,085.4 kB	5,893.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.68+dfsg-2	1,104.3 kB	5,753.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.68+dfsg-2	1,123.1 kB	7,726.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.68+dfsg-2	1,151.5 kB	7,749.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.68+dfsg-2	1,170.8 kB	7,109.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.68+dfsg-2	1,148.9 kB	4,409.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.68+dfsg-2	1,157.7 kB	6,289.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	2.68+dfsg-2	1,348.7 kB	5,689.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.68+dfsg-2	984.4 kB	12,602.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.68+dfsg-2	1,236.8 kB	5,813.0 kB	[lista de arquivos]