Пакет: stacks (2.66+dfsg-1 и другие)

[ Источник: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Другие пакеты, относящиеся к stacks

• dep: bsdextrautils

  дополнительные инструменты из 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl-интерфейс к базам данных (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, ppc64el]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  библиотека сжатия

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  также виртуальный пакет, предоставляемый r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger
  также виртуальный пакет, предоставляемый gdb-minimal

Загрузка stacks

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.66+dfsg-1+b1	1 154,6 Кб	5 807,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.66+dfsg-1+b1	1 004,8 Кб	5 725,0 Кб	[список файлов]
armel	2.66+dfsg-1+b1	979,6 Кб	5 148,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.66+dfsg-1+b1	1 000,0 Кб	3 632,0 Кб	[список файлов]
i386	2.66+dfsg-1+b1	1 233,2 Кб	6 100,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.66+dfsg-1+b1	1 062,3 Кб	7 443,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.66+dfsg-1+b1	1 123,6 Кб	7 005,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.66+dfsg-1+b1	1 104,7 Кб	6 049,0 Кб	[список файлов]