Pakiet: stacks (2.68+dfsg-2)

[ Pakiet źródłowy: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Inne pakiety związane z stacks

• dep: bsdextrautils

  Dodatkowe narzędzia z 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Interfejs bazodanowy Perl (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, ppc64el, riscv64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  również pakiet wirtualny udostępniany przez r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger

Pobieranie stacks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 231,5 KiB	6 161,0 KiB	[lista plików]
arm64	1 057,3 KiB	5 829,0 KiB	[lista plików]
armel	1 024,3 KiB	5 681,0 KiB	[lista plików]
armhf	1 046,8 KiB	4 081,0 KiB	[lista plików]
i386	1 301,0 KiB	6 437,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1 123,1 KiB	7 726,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1 170,8 KiB	7 109,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1 148,9 KiB	4 409,0 KiB	[lista plików]
s390x	1 157,7 KiB	6 289,0 KiB	[lista plików]