Pacote: kissplice (2.6.7-1 e outros)

[ Fonte: kissplice  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

Outros pacotes relacionados a kissplice

• dep: bcalm [não alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.39) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha]

  Pacote não disponível

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Pacote não disponível

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Pacote não disponível

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [não alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.6) [hppa, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: python [alpha, hppa, m68k, sh4]

  Pacote não disponível

• dep: python3 [não alpha, hppa, m68k, sh4]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não alpha, hppa, m68k, sh4]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [alpha, hppa, m68k, sh4]

Download de kissplice

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.2.1-1	596.7 kB	1,376.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.6.7-1	485.0 kB	1,178.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.6.7-1	469.8 kB	1,370.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	2.1.0-1	1,289.9 kB	2,181.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.6.2-3	506.4 kB	1,581.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.6.7-1	469.7 kB	1,146.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.2.1-1	555.8 kB	1,120.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.6.7-1	486.1 kB	1,466.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.6.7-1	485.5 kB	1,434.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.6.7-1	486.5 kB	1,434.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.6.7-1	480.3 kB	1,002.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	2.1.0-1	1,282.1 kB	2,090.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.6.7-1	460.2 kB	7,783.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.5.3-1	4,035.5 kB	15,302.0 kB	[lista de arquivos]