Paket: kissplice (2.6.7-1 und andere)

[ Quellcode: kissplice  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

Andere Pakete mit Bezug zu kissplice

• dep: bcalm [nicht alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha]

  Paket nicht verfügbar

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [nicht alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 4.6) [hppa, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: python [alpha, hppa, m68k, sh4]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python3 [nicht alpha, hppa, m68k, sh4]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht alpha, hppa, m68k, sh4]

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [alpha, hppa, m68k, sh4]

kissplice herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.2.1-1	596,7 kB	1.376,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.6.7-1	485,0 kB	1.178,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.6.7-1	469,8 kB	1.370,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.1.0-1	1.289,9 kB	2.181,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.6.2-3	506,4 kB	1.581,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.2.1-1	555,8 kB	1.120,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.6.7-1	486,1 kB	1.466,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.6.7-1	485,5 kB	1.434,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.6.7-1	486,5 kB	1.434,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.6.7-1	480,3 kB	1.002,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.1.0-1	1.282,1 kB	2.090,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.6.7-1	460,2 kB	7.783,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.5.3-1	4.035,5 kB	15.302,0 kB	[Liste der Dateien]