Pacote: kissplice (2.6.7-1)

[ Fonte: kissplice  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

Outros pacotes relacionados a kissplice

• dep: bcalm

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de kissplice

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	485.0 kB	1,178.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	469.8 kB	1,370.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	486.1 kB	1,466.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	486.5 kB	1,434.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	480.3 kB	1,002.0 kB	[lista de arquivos]