パッケージ: kissplice (2.6.7-1 など)

[ ソース: kissplice  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

その他の kissplice 関連パッケージ

• dep: bcalm [alpha, hppa, m68k, sh4, x32 以外]

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha]

  パッケージは利用できません

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  パッケージは利用できません

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  パッケージは利用できません

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [alpha, hppa, m68k, sh4, x32 以外]

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, hppa, m68k, sh4, x32 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.6) [hppa, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: python [alpha, hppa, m68k, sh4]

  パッケージは利用できません

• dep: python3 [alpha, hppa, m68k, sh4 以外]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [alpha, hppa, m68k, sh4 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [alpha, hppa, m68k, sh4]

kissplice のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.2.1-1	596.7 kB	1,376.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.6.7-1	485.0 kB	1,178.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.6.7-1	469.8 kB	1,370.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.1.0-1	1,289.9 kB	2,181.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.6.2-3	506.4 kB	1,581.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.2.1-1	555.8 kB	1,120.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.6.7-1	486.1 kB	1,466.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.6.7-1	485.5 kB	1,434.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.6.7-1	486.5 kB	1,434.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.6.7-1	480.3 kB	1,002.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.1.0-1	1,282.1 kB	2,090.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2.6.7-1	460.2 kB	7,783.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.5.3-1	4,035.5 kB	15,302.0 kB	[ファイル一覧]