Paquet : kissplice (2.6.7-1 et autres)

[ Paquet source : kissplice  ]

détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

KisSplice est un logiciel qui permet l'analyse des données du séquençage de l'ARN avec ou sans génome de référence. C'est un assembleur de transcriptome local et exact, qui permet d'identifier les SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism »), les insertions et les suppressions de bases azotées dans l'ADN d'un organisme et les événements d'épissage alternatif. Il peut traiter un nombre arbitraire de conditions biologiques, et quantifiera chaque type de données dans chaque condition biologique. Il a été testé sur des ensembles de données issus d'un système de séquençage de l'entreprise Illumina jusqu'à 1 milliards de lectures. Sa consommation en mémoire vive est d'environ 5 Go pour 100 millions de lectures.

Autres paquets associés à kissplice

• dep: bcalm [non alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha]

  Paquet indisponible

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [non alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.6) [hppa, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: python [alpha, hppa, m68k, sh4]

  Paquet indisponible

• dep: python3 [non alpha, hppa, m68k, sh4]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non alpha, hppa, m68k, sh4]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [alpha, hppa, m68k, sh4]

Télécharger kissplice

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.2.1-1	596,7 ko	1 376,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.6.7-1	485,0 ko	1 178,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.6.7-1	469,8 ko	1 370,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.1.0-1	1 289,9 ko	2 181,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.6.2-3	506,4 ko	1 581,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.2.1-1	555,8 ko	1 120,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.6.7-1	486,1 ko	1 466,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.6.7-1	485,5 ko	1 434,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.6.7-1	486,5 ko	1 434,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.6.7-1	480,3 ko	1 002,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.1.0-1	1 282,1 ko	2 090,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.6.7-1	460,2 ko	7 783,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.5.3-1	4 035,5 ko	15 302,0 ko	[liste des fichiers]