Pacote: abyss (2.3.10-1 e outros)

[ Fonte: abyss  ]

montador sequencial, paralelo, de novo para leituras curtas

ABySS é um montador paralelo, sequencial, 'de novo', concebido para leituras curtas. Pode ser utilizado para montar dados de sequência de genoma ou transcritoma. A paralelização é conseguida utilizando MPI, OpenMP e pthread.

Etiquetas: Campo: Biologia, Implementado em: C, Interface de usuário(a): Linha de comando, Função: Programa

Outros pacotes relacionados a abyss

• dep: bsdextrautils [não hppa, sparc64]

  utilitários extras do 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  pacote de transição para mais utilitários do FreeBSD

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Pacote não disponível

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [ia64, x32]

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi40 (>= 5.0.7) [alpha, s390x]

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  biblioteca compartilhada SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [não hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: make

  utilitário para compilação direta

• dep: openmpi-bin [não hppa]

  biblioteca de passagem de mensagens de alto desempenho -- binários

• dep: openmpi-common [não hppa]

  high performance message passing library -- common files

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• sug: openmpi-bin

  biblioteca de passagem de mensagens de alto desempenho -- binários

Download de abyss

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.3.10-1	3,128.0 kB	11,951.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.3.10-1+b1	3,246.5 kB	10,021.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.3.10-1+b1	3,000.6 kB	10,681.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	2.1.0-1	2,719.4 kB	9,671.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.3.5+dfsg-2	3,493.2 kB	17,029.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.3.10-1+b2	3,063.8 kB	9,673.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.3.3-2	3,040.2 kB	9,799.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.3.10-1+b1	3,135.6 kB	12,561.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.3.10-1+b1	3,152.9 kB	13,053.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.3.10-1+b1	3,163.1 kB	12,409.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.3.10-1+b1	3,185.2 kB	8,245.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.3.10-1	3,156.1 kB	10,176.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	2.3.3-2	3,276.4 kB	9,167.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.2.2-1	2,718.5 kB	9,131.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.3.5+dfsg-2	3,104.9 kB	8,946.0 kB	[lista de arquivos]