Paket: abyss (2.3.10-1 och andra)

[ Källkod: abyss  ]

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

ABySS is a de novo, parallel, sequence assembler that is designed for short reads. It may be used to assemble genome or transcriptome sequence data. Parallelization is achieved using MPI, OpenMP and pthread.

Märken: Field: Biologi, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program

Andra paket besläktade med abyss

• dep: bsdextrautils [ej hppa, sparc64]

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  Transitional package for more utilities from FreeBSD

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [alpha, ia64, x32]

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 shared library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: make

  utility for directing compilation

• dep: openmpi-bin [ej hppa]

  high performance message passing library -- binaries

• dep: openmpi-common [ej hppa]

  high performance message passing library -- common files

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Hämta abyss

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	2.3.5+dfsg-2	3.091,4 kbyte	12.135,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	2.3.10-1+b1	3.246,5 kbyte	10.021,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.3.10-1+b1	3.000,6 kbyte	10.681,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	2.1.0-1	2.719,4 kbyte	9.671,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	2.3.5+dfsg-2	3.493,2 kbyte	17.029,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	2.3.10-1+b2	3.063,8 kbyte	9.673,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.3.3-2	3.040,2 kbyte	9.799,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.3.10-1+b1	3.135,6 kbyte	12.561,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	2.3.10-1+b1	3.152,9 kbyte	13.053,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.3.10-1+b1	3.163,1 kbyte	12.409,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	2.3.10-1+b1	3.185,2 kbyte	8.245,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	2.3.3-2	3.276,4 kbyte	9.167,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	2.2.2-1	2.718,5 kbyte	9.131,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	2.3.5+dfsg-2	3.104,9 kbyte	8.946,0 kbyte	[filförteckning]