Package: abyss (2.3.10-1 and others)

[ Source: abyss  ]

assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte

ABySS è un assemblatore di sequenze, parallelo, de novo che è progettato per letture corte. Può essere usato per assemblare dati di sequenza di trascrittoma o genoma. La parallelizzazione è ottenuta usando MPI, OpenMP e pthread.

Tags: Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program

Other Packages Related to abyss

• dep: bsdextrautils [not hppa, sparc64]

  utilità aggiuntive da 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  pacchetto di transizione per ulteriori utilità da FreeBSD

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  Package not available

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [alpha, ia64, x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 5.0.5) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  libreria condivisa SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: make

  utilità per guidare la compilazione

• dep: openmpi-bin [not hppa]

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni -- binari

• dep: openmpi-common [not hppa]

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - file comuni

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: openmpi-bin

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni -- binari

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Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.3.5+dfsg-2	3,091.4 kB	12,135.0 kB	[list of files]
amd64	2.3.10-1	3,247.4 kB	10,016.0 kB	[list of files]
arm64	2.3.10-1	3,000.2 kB	10,616.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.1.0-1	2,719.4 kB	9,671.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.3.5+dfsg-2	3,493.2 kB	17,029.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.3.3-2	3,040.2 kB	9,799.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3.10-1	3,109.4 kB	12,559.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.3.10-1	3,150.9 kB	13,052.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3.10-1	3,160.0 kB	12,408.0 kB	[list of files]
riscv64	2.3.10-1	3,184.9 kB	8,240.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.3.3-2	3,276.4 kB	9,167.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.2.2-1	2,718.5 kB	9,131.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.3.5+dfsg-2	3,104.9 kB	8,946.0 kB	[list of files]