套件：abyss（2.3.10-1 以及其他的）

[ 原始碼： abyss  ]

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

ABySS is a de novo, parallel, sequence assembler that is designed for short reads. It may be used to assemble genome or transcriptome sequence data. Parallelization is achieved using MPI, OpenMP and pthread.

標籤: 領域: 生物學, 實做語言: C, 使用者介面: 命令行, 角色: 程式

其他與 abyss 有關的套件

• dep: bsdextrautils [除 hppa, sparc64]

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  Transitional package for more utilities from FreeBSD

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, x32]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  套件暫時不可用

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  套件暫時不可用

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [alpha, ia64, x32]

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 shared library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: make

  utility for directing compilation

• dep: openmpi-bin [除 hppa]

  high performance message passing library -- binaries

• dep: openmpi-common [除 hppa]

  high performance message passing library -- common files

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

下載 abyss

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	2.3.5+dfsg-2	3，091。4 kB	12，135。0 kB	[檔案列表]
amd64	2.3.10-1+b1	3，246。5 kB	10，021。0 kB	[檔案列表]
arm64	2.3.10-1+b1	3，000。6 kB	10，681。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	2.1.0-1	2，719。4 kB	9，671。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	2.3.5+dfsg-2	3，493。2 kB	17，029。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	2.3.3-2	3，040。2 kB	9，799。0 kB	[檔案列表]
mips64el	2.3.10-1+b1	3，135。6 kB	12，561。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	2.3.10-1+b1	3，152。9 kB	13，053。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	2.3.10-1+b1	3，163。1 kB	12，409。0 kB	[檔案列表]
riscv64	2.3.10-1+b1	3，185。2 kB	8，245。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	2.3.3-2	3，276。4 kB	9，167。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	2.2.2-1	2，718。5 kB	9，131。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	2.3.5+dfsg-2	3，104。9 kB	8，946。0 kB	[檔案列表]