Paketti: abyss (2.3.10-1 ja muut)

[ Source: abyss  ]

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

ABySS is a de novo, parallel, sequence assembler that is designed for short reads. It may be used to assemble genome or transcriptome sequence data. Parallelization is achieved using MPI, OpenMP and pthread.

Tagit: Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program

Muut pakettiin abyss liittyvät paketit

• dep: bsdextrautils [ei hppa, sparc64]

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  Transitional package for more utilities from FreeBSD

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [alpha, ia64, x32]

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 (jaettu kirjasto)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: make

  utility for directing compilation

• dep: openmpi-bin [ei hppa]

  high performance message passing library -- binaries

• dep: openmpi-common [ei hppa]

  high performance message passing library -- common files

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• sug: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Imuroi abyss

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.3.5+dfsg-2	3,091.4 kt	12,135.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.3.10-1+b1	3,246.5 kt	10,021.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.3.10-1+b1	3,000.6 kt	10,681.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.1.0-1	2,719.4 kt	9,671.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.3.5+dfsg-2	3,493.2 kt	17,029.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.3.3-2	3,040.2 kt	9,799.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.3.10-1+b1	3,135.6 kt	12,561.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.3.10-1+b1	3,152.9 kt	13,053.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.3.10-1+b1	3,163.1 kt	12,409.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.3.10-1+b1	3,185.2 kt	8,245.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.3.3-2	3,276.4 kt	9,167.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.2.2-1	2,718.5 kt	9,131.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.3.5+dfsg-2	3,104.9 kt	8,946.0 kt	[tiedostoluettelo]