Paket: abyss (2.3.10-1 und andere)

[ Quellcode: abyss  ]

Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

ABySS ist ein paralleler De-novo-Sequenzassembler, der für short reads ausgelegt ist. Er kann verwendet werden, um Genom- oder Transkriptomsequenzdaten zusammenzustellen. Die Parallelisierung erfolgt über MPI, OpenMP und pthread.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu abyss

• dep: bsdextrautils [nicht hppa, sparc64]

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  Übergangspaket für weitere FreeBSD-Dienstprogramme

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [alpha, ia64, x32]

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: make

  Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung

• dep: openmpi-bin [nicht hppa]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

• dep: openmpi-common [nicht hppa]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - gemeinsame Dateien

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: openmpi-bin

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

abyss herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.3.5+dfsg-2	3.091,4 kB	12.135,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.3.10-1+b1	3.246,5 kB	10.021,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.3.10-1+b1	3.000,6 kB	10.681,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.1.0-1	2.719,4 kB	9.671,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.3.5+dfsg-2	3.493,2 kB	17.029,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	2.3.10-1+b2	3.063,8 kB	9.673,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.3.3-2	3.040,2 kB	9.799,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.3.10-1+b1	3.135,6 kB	12.561,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.3.10-1+b1	3.152,9 kB	13.053,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.3.10-1+b1	3.163,1 kB	12.409,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.3.10-1+b1	3.185,2 kB	8.245,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.3.3-2	3.276,4 kB	9.167,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.2.2-1	2.718,5 kB	9.131,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.3.5+dfsg-2	3.104,9 kB	8.946,0 kB	[Liste der Dateien]